Jean-Marie Charpentier a suivi simultanément des études d’urbaniste et d’architecte et a obtenu, en 1966, le diplôme d’urbaniste de l’Université de Paris et, en 1969, le diplôme d’architecte de l’école des Beaux-Arts de Paris.

Après avoir passé une année à enseigner l’architecture au Cambodge, il crée son agence d’architecture en 1969. Celle-ci s’est développée au cours des 35 dernières années pour devenir une des agences les plus importantes de France. Outre ses activités en France, il devient expert pour les Nations Unies et effectue à ce titre de nombreuses missions d’assistance. Jean-Marie Charpentier a toujours gardé une grande fidélité à ses amis asiatiques : cambodgiens et chinois notamment ; depuis une vingtaine d’années, il a eu la chance et la ténacité de pouvoir travailler en Chine et d’y réaliser des oeuvres majeures : l’Opéra de Shanghai, qui a reçu la Médaille d’Or d’Architecture de la Ville de Shanghai, la Place centrale de Pudong, le quartier de Wanli, Médaille d’Or d’Urbanisme de la Ville de Shanghai, la ville nouvelle de Nanhui, ou encore l’Avenue du Siècle et la transformation de la rue de Nankin en rue piétonne. Parallèlement à son travail d’architecte, Jean-Marie Charpentier s’est toujours intéressé aux grands problèmes de la profession ; c’est ainsi qu’il a été Président de l’Ordre Régional des Architectes d’Ile-de-France de 1990 à 1994. Il est membre du Conseil de l’Académie d’Architecture, très actif au sein de l’Union Internationale des Architectes (UIA), dont il est membre du Conseil et pour laquelle il dirige un groupe international de réflexion prospectif sur la “Fonction de l’Architecte”. Il est vice-président du Comité franco-chinois de la Chambre de Commerce de Paris depuis 1997, Membre du conseil d’administration de l’Association des Architectes français à l’Export (AFEX) depuis 1998. Depuis 2002, il est le directeur de l’école des Beaux-Arts des écoles d’Art américaines de Fontainebleau.

Il participe à la préservation de la culture et des monuments khmers à travers l’Association des Amis d’Angkor dont il a été le président de 1997 à 2005. La musique est son plaisir, aussi est-il président de l’orchestre du Violon d’Ingres, qui avait été créé par son père, dans la tradition de son ancêtre le compositeur Gustave Charpentier.